1er chapitre de bio : la cel eucaryote

pour les eleves en BCPST, et les autres
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byo

1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par byo » 09 sept. 2012 18:42

Salut !
J'ai besoin de quelques petites précisions sur mon cours de bio, je remercie d'avance ceux qui prendront la peine de répondre à une de mes questions :) :

*cytosquelette
- lors de l'endocytose et de l'exocytose, quels sont les filaments du cytosquelette qui agissent pour permettre le déplacement des vésicules ?
- qu'entends-t-on par "le cytosquelette est constitué de fibres" ? (qu'est-ce qu'une fibre ?)
- qu'est-ce qu'un "poul de tubuline alpha et bêta" (10 tubulines ?)
- dans les microtubules, un protofilament est constitué de combien de dimères ? (une dimère = une tubuline alpha + une tub bêta)
- comment cela se fait-il que la polymérisation des microtubules soit plus rapide du côté de la membrane plasmique (polarisée +) que du côté du MTOC alors que c'est d'après mon cours "le MTOC contient des protéines qui permettent d'initier la polymérisation des microtubules" ?
- comment fonctionnent exactement ces protéines ? la polymérisation nécessite aussi de l'énergie, cad de l'ATP ?
- les microtubules sont responsables de la répartition des K lors de la mitose et de méiose : sur notre schéma, on a alors placé 2 MTOC, un en haut de la cellule, un en bas : d'où sort le 2eme MTOC ??
- quels filaments se polymérisent et se dépolymérisent exactement dans le cytosquelette ? microtubule : oui, toutes les 10 minutes, microfilaments d'actine : ?, filaments intermédiaires : ?

*lysosomes/péroxysomes :
- en terminale, j'ai appris que la phagocytose se faisait par les phagocyte/macrophage et je ne sais plus quoi, dans mon cours de sup j'ai cru comprendre que toutes les cellules eucaryotes pouvaient à la fois faire la phagocytose (pour les gros corps) et l'endocytose (petits corps) et éliminer les vieux organites (je ne connais plus le nom de cette réaction), où est l'erreur ?
- Mon schéma n'est pas complet :
endocytose : endosome + lysosome 1 => lysosome 2
??cytose : autophagosome + lysosome 1 => ??
- qu'est-ce qui entoure le vieil organite (on a pris l'exemple d'une vieille mithochondrie) : un "??" de Réticulum endoplasmique granuleux/lisse ? (je suppose lisse puisqu'il a un rôle de "dégradation/détoxification")
- une vésicule, c'est quoi en fait ?
- les péroxysome contiennent : des oxydases (qui servent à quoi en fait ?) et de la péroxydase (= eau oxygénée H202, qui permet l'oxydation de substances nocives tel que H202 + RH2 -> R + 2 H20 : où y'a-t-il oxydation, cad perte d'éléctron ? pourquoi sans H2, R ne serait plus nocif ?)

*autres
- le cytosol a un rôle de dispersion : c'est-à-dire ?
- qu'est-ce qu'un "phosphate inorganique" (lors de la décomposition de l'ATP en ADP + Pi)
- quels sont les K non linéaires ? ("le noyau renferme les K linéaires")
- les 2 sous unités ribosomiales ne s'assemblent que lors de la traduction : lorsque l'on schématise une cellule, on fait des points sur le REG, un point = un ribosome ou une sous-unitée ?

heavenhel

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par heavenhel » 09 sept. 2012 19:05

*cytosquelette
Je te conseille de regarder le petit film dispo sur youtube the inner life of the cell pour illustrer et bien comprendre ce cours.
- lors de l'endocytose et de l'exocytose, quels sont les filaments du cytosquelette qui agissent pour permettre le déplacement des vésicules ?
L'actine de manière prioritaire pour la sortie et l'entrée des vésicules.
Pour le déplacement même, actine ou microtubules (dépend de pas mal de paramètres dont la nature de ce qui est transporté -> cf une manip que tu verras peut-être en embryo)
- qu'entends-t-on par "le cytosquelette est constitué de fibres" ? (qu'est-ce qu'une fibre ?)
Bah on entend que beaucoup des constituants du cytosquelette sont fibrillaires. ou dit autrement ceux sont des rails.
En règle général, on appelle fibre en bio tout ce qui est long, allongé et avec un faible diamètre. Ainsi on parlera de fibres musculaires, de microfibrille de cellulose, de constituant du cytosquelette fibrillaires....
- qu'est-ce qu'un "poul de tubuline alpha et bêta" (10 tubulines ?)
Un pool, non ?
Une réserve de tubuline alpha et beta.
- dans les microtubules, un protofilament est constitué de combien de dimères ? (une dimère = une tubuline alpha + une tub bêta)
Quelques uns. (enfin, à mon avis c'est un peu hors programme)
- comment cela se fait-il que la polymérisation des microtubules soit plus rapide du côté de la membrane plasmique (polarisée +) que du côté du MTOC alors que c'est d'après mon cours "le MTOC contient des protéines qui permettent d'initier la polymérisation des microtubules" ?
Très bonne question mais totalement hors programme.
De manière générale, on peut dire que le fonctionnement du MTOC est très mal connu donc tu n'auras aucune réponse précise.
Mais sinon, c'est juste une histoire de constantes cinétiques. (vous avez commencé la cinétique en chimie ?)
- comment fonctionnent exactement ces protéines ? la polymérisation nécessite aussi de l'énergie, cad de l'ATP ?
Très bonne question aussi mais tout aussi hors programme.
La polymérisation ne nécessite pas d'énergie (j'en suis sûre pour l'actine, quasi pour les microtubules). Elle est spontanée dans certaines conditions et régulées par un certains nombres de protéines.
- les microtubules sont responsables de la répartition des K lors de la mitose et de méiose : sur notre schéma, on a alors placé 2 MTOC, un en haut de la cellule, un en bas : d'où sort le 2eme MTOC ??
Des K ? Des chromosomes tu veux dire ?
Le MTOC est dupliqué avant l'entrée en division cellulaire.
- quels filaments se polymérisent et se dépolymérisent exactement dans le cytosquelette ? microtubule : oui, microfilaments d'actine : ?, filaments intermédiaires : ?
A priori tous.
Très connu pour l'actine et les microtubules. Beaucoup moins pour les filaments intermédiaires qui sont moins étudiés. Apparemment il le font aussi mais plus lentement.
- en terminale, j'ai appris que la phagocytose se faisait par les phagocyte/macrophage et je ne sais plus quoi, dans mon cours de sup j'ai cru comprendre que toutes les cellules eucaryotes pouvaient à la fois faire la phagocytose (pour les gros corps) et l'endocytose (petits corps) et éliminer les vieux organites (je ne connais plus le nom de cette réaction), où est l'erreur ?
Réfléchis en terme de nom grec.
Phagos : manger
Endo : à l'intérieur
Cytos : cellule
Donc la phagocytose c'est le fait de manger une cellule. Et l'endocytose c'est le fait de faire entrer quelque chose hors de la cellule dans la cellule grâce à une vésicule. Il reste aussi l'autophagie (se manger soit-même) qui est la capacité à dégrader ce qui est vieux dans ta cellule (dont les vieux organites).
Toutes les cellules eucaryotes ne peuvent pas faite de phagocytose (comment le pourraient les cellules végétales avec leur paroi ?) mais elles peuvent toutes faire de l'endocytose et de l'autophagie.
Chez l'être humain, la phagocytose est réalisée par les phagocytes (comme leur nom l'indique ce qui réalise la phagocytose) mais beaucoup d'unicellulaire se nourrissent grâce à la phagocytose.
- Mon schéma n'est pas complet :
endocytose : endosome + lysosome 1 => lysosome 2
??cytose : autophagosome + lysosome 1 => ??
Il y a plein de voies d'endocytose différentes. Toutes ne passent pas par les lysosomes. Difficile de t'en dire plus si tu ne m'en dis pas plus.
PS : le traffic intracellulaire est totalement hors programme.
- qu'est-ce qui entoure le vieil organite (on a pris l'exemple d'une vieille mithochondrie) : un "??" de Réticulum endoplasmique granuleux/lisse ? (je suppose lisse puisqu'il a un rôle de "dégradation/détoxification"
Déjà deux membranes.
Ensuite lors de la dégradation je ne sais pas trop. Là aussi c'est hors programme.
- une vésicule, c'est quoi en fait ?
Un micelle lipidique cellulaire.
- les péroxysome contiennent : des oxydases (qui servent à quoi en fait ?) et de la péroxydase (= eau oxygénée H202, qui permet l'oxydation de substances nocives tel que H202 + RH2 -> R + 2 H20 : où y'a-t-il oxydation, cad perte d'éléctron ? pourquoi sans H2, R ne serait plus nocif ?)
Oxydase : comme son nom l'indique : qui oxyde (et donc réduise). de manière générale, c'est une enzyme qui catalyse une réaction d'oxydoréduction.
On réduit l'eau oxygénée qui est un oxydant.
Et ce n'est pas R qui est nocif mais l'eau oxygénée. En gros, les oxydants comme l'eau oxygénées réagissent avec les constituants cellulaires et les oxydent. Ils sont alors abîmés. D'où la mise en place de tout un tas de mécanismes visant à consommer les oxydants pour se protéger (c'est un des rôles de la mitochondries, c'est le rôle des peroxysomes....)

*autres
- le cytosol a un rôle de dispersion : c'est-à-dire ?
Quel est le contexte ?
- qu'est-ce qu'un "phosphate inorganique" (lors de la décomposition de l'ATP en ADP + Pi)
C'est Pi. (formule $ $PO_4^{3-}$ $)
- quels sont les K non linéaires ? ("le noyau renferme les K linéaires")
K ?
- les 2 sous unités ribosomiales ne s'assemblent que lors de la traduction : lorsque l'on schématise une cellule, on fait des points sur le REG, un point = un ribosome ou une sous-unitée ?
Un ribosome en train de traduire

Aguila

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par Aguila » 09 sept. 2012 19:31

Pas grand chose à ajouter.
Juste :
heavenhel a écrit :
- une vésicule, c'est quoi en fait ?
Un micelle lipidique cellulaire.
Je pense que l'a tu l'a encore plus perdu :wink:
C'est un organite très simple : une double membrane, très proche de la membrane plasmique, avec des trucs dedans, souvent pas mal de protéines.
- le cytosol a un rôle de dispersion : c'est-à-dire ?
Je pense que ça veut dire que le cytosol permet que les éléments soient un peu partout dans la cellule, de les disperser.

heavenhel

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par heavenhel » 09 sept. 2012 20:13

Aguila a écrit :
heavenhel a écrit :
- une vésicule, c'est quoi en fait ?
Un micelle lipidique cellulaire.
Je pense que l'a tu l'a encore plus perdu :wink:
C'est un organite très simple : une double membrane, très proche de la membrane plasmique, avec des trucs dedans, souvent pas mal de protéines.
Bah je sais pas, on m'a parlé de micelle au lycée donc....
- le cytosol a un rôle de dispersion : c'est-à-dire ?
Je pense que ça veut dire que le cytosol permet que les éléments soient un peu partout dans la cellule, de les disperser.
oui enfin, c'est plutôt le boulot du cytosquelette que du cytosol. Le cytosol c'est juste en mic mac de truc distinct. Ca n'a pas de sens de dire qu'il disperse quelque chose...

Aguila

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par Aguila » 09 sept. 2012 21:46

heavenhel a écrit :Le cytosol c'est juste en mic mac de truc distinct.
C'est le cytoplasme ça non ?
Le cytosol c'est juste le liquide, pas ce qui flotte dedans non ?

heavenhel

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par heavenhel » 09 sept. 2012 21:50

oui enfin il reste un mix de protéines, d'ARN, de sucres....assez hétéroclites et visqueux....

Je veux dire, quel rapport entre les enzymes de la glycolyse et le cytosquelette ? Le premier n'a rien à voir avec la dispersion, le deuxième si.
Il ne faut quand même pas oublier que le cytosol c'est pas réellement liquide. La diffusion a ses limites d'où le rôle des transporteurs. ;)
Pour moi, il n'a pas spécialement d'unité fonctionnelle contrairement à d'autres systèmes

Aguila

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par Aguila » 09 sept. 2012 22:07

heavenhel a écrit :Pour moi, il n'a pas spécialement d'unité fonctionnelle contrairement à d'autres systèmes
Tout à fait d'accord.

byo

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par byo » 09 sept. 2012 22:29

heavenhel a écrit : - quels sont les K non linéaires ? ("le noyau renferme les K linéaires")
K ?
K=chromosome, désolée, je suis tellement habituée à utiliser des abréviations ^^
heavenhel a écrit : - qu'est-ce qu'un "phosphate inorganique" (lors de la décomposition de l'ATP en ADP + Pi)
C'est Pi. (formule $PO_4^{3-}$)
Quelle différence avec les phosphates contenus dans l'ATP ?
heavenhel a écrit :Mais sinon, c'est juste une histoire de constantes cinétiques. (vous avez commencé la cinétique en chimie ?)
Non, pas encore...

Sinon à propos du cytosol, mon cours dit qu'il contient "des organites libres (non délimités par une membrane) tels que ribosome et cytosquelette" -> le cytosquelette fait donc partie du cytosol, tout comme les organites non libres (membrane) feraient partie du cytoplasme ?

heavenhel

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par heavenhel » 09 sept. 2012 22:38

La définition d'organite dépend du biologiste. Pour moi organite = Noyau + RER/REL + Golgi + ensemble de vésicules et de tubules.
D'autres y inclus les ribosomes, le cytosquelette....

Le cytosol est défini comme le cytoplasme sans les organites donc avec ma déifinition il contient le cytosquelette et les ribosomes mais avec une autre....bof bof.

Le noyau eucaryote contient quasi-exclusivement des chromosomes linéaires. Cependant, chez certaines espèces, on trouve des mini-chromosomes qui peuvent être circulaires. Leur existence est totalement hors programme. Retiens donc qu'il n'y a que des chromosomes linéaires chez les eucaryotes.
byo a écrit :
heavenhel a écrit : - qu'est-ce qu'un "phosphate inorganique" (lors de la décomposition de l'ATP en ADP + Pi)
C'est Pi. (formule $PO_4^{3-}$)
Quelle différence avec les phosphates contenus dans l'ATP ?
L'état d'oxydation.
Réduit = organique
Oxydé = Inorganique
heavenhel a écrit :Mais sinon, c'est juste une histoire de constantes cinétiques. (vous avez commencé la cinétique en chimie ?)
Non, pas encore...
Zut....je vais voir si j'arrive à m'en passer pour t'expliquer

byo

Re: 1er chapitre de bio : la cel eucaryote

Message par byo » 10 sept. 2012 19:30

Merci, merci, merci :)
Ça me fait penser que puisque le noyau est un organite, c'est une abérration de dire qu'une cellule est composée d'un noyau est de cytoplasme, puisque le cytoplasme contient le noyau...

J'ai encore d'autres questions (oui, ça m'empêche de dormir la nuit !) :

* La base de la base :
- Toutes les enzymes sont des protéines ? je suppose que oui...
- Les protéines sont synthétisées grâce à la transcription + la traduction des nucléotides en AA par les ribosomes. Et les autres molécules, pourquoi n'en parle-t-on jamais ?!Je sais juste que les lipides sont synthétisés dans le REL, mais il n'y a pas d'ADN dans le REL, si ? Donc finalement il existe d'autres manières de synthétiser des molécules qu'à partir des gènes ? Je suis perduue :(

*Le casse-tête des tissus :
- incohérence :
les capillaires sanguins font partis du tissu conjonctif fibreux ("le tissu conjonctif est vascularisé")
les cellules endothéliales = cellules du capillaire forment un épithelium intérieur
-> des cellules ne peuvent pas appartenir à 2 types de tissus, où est l'erreur ?
- tous les tissus conjonctifs sont-ils fibreux et vascularisés ? toutes les matrices extracellulaires du corps contiennent des fibroblastes + des fibres de collagène ?
- les cellules endocrine des îlots de L du pancréa appartiennent à quel type de tissu ? Reposent-elles sur une lame basale ?

*Autre :
- CPA = Cellule Acineuse du Pancréa exocrine ? (il n'existe pas de cellule acineuse du pancréa endocrine ? autrement dit les cellules des îlots de langhérans ne sont pas "acineuses" ? -> acineux, ça veut dire quoi en fait ?)

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