Biochimie

[jojok10]

Bonsoir,

j'ai un devoir de biochimie mais je bloque à une question .Il faut trouver la structure primaire de P.Pourriez vous m'aider svp?

Merci

On isole un peptide P sur lequel on effectue les opérations suivantes:

*action du DNFB (dinitrofluorobenzène), puis hydrolyse acide, puis analyse
chromatographique, donne:

Ala (2), Arg, Asp, Cys, Glu, Gly (2), His, Met, Lys, Phe, DNP-Ser, Thr, Tyr, ions NH4+, impuretés.

*action de la trypsine, donne 3 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide,
chromatographie donnent:

PT1: Ala, Cys, Phe, Thr, ions NH4+, impuretés;
PT2: Asp, Glu, Gly, Lys, Met, ions NH4+;
PT3: Ala, Arg, Gly, His, Ser, Tyr.

Les 2 questions ( I et II) sont indépendantes

I- On réalise ensuite les analyses suivantes:

*action de la carboxypeptidase-A pendant un temps très court et observation d'une libération
majoritaire de Ala.

*action de la chymotrypsine, donne 3 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide,
chromatographie donnent:

PC1: Ala, Cys, Thr;
PC2: Gly, Ser, Tyr;
PC3: Ala, Arg, Asp, Glu, Gly, His, Lys, Met, Phe, ions NH4+, impuretés.

*action de BrCN, donne 2 peptides qui, après séparation, hydrolyse acide, chromatographie
donnent:

PB1: Ala, Arg, Asp, Gly, His, Ser, Tyr, Homosérine, ions NH4+;
PB2: Ala, Cys, Glu, Gly, Lys, Phe, Thr, ions NH4+, impuretés.

2°) Établir la structure primaire du peptide P.

NB :
*dans les conditions expérimentales utilisées la chymotrypsine n'est active qu'au niveau des
résidus aromatiques;
*utiliser les résultats dans l'ordre de leur présentation;
*étayer chaque étape du raisonnement;
*il reste à la fin 3 alternatives sur la séquence primaire.

[gilles furelaud]

j'ai une solution et qui marche à tous les coups : réfléchir et travailler.

[jojok10]

Merci c'est pour cela que je ne vous ai pas mi tous mon devoir.

[jojok10]

Voila ce que j'en pense.On cherche la structure primaire donc on a pas besoin de repartir au dernier traitement qui est le le traitement au BrCN.On va directement au premier traitement au DNFB.Le DNFB se lie à la Serine qui était en C terminale et l'hydrolyse coupe toutes les liaison peptidiques.Donc je penserais à :

Ala-ala-arg-cys-glu-gly-gly-his-met-lys-phe-thr-tyr-ser

[Broceliand]

j'ai une solution et qui marche à tous les coups : réfléchir et travailler.

publicité mensongère

[teto]

J'ai fais de la biochimie il fut un temps, mais la liste des dénaturants m'est passée par dessus la tête.
Tu ne donnes pas tout l'énoncé, donc on ne peut pas trop t'aider en l'état. Par contre, clique ici, cela va beaucoup t'aider.

Le fait de multiplier les méthodes d'hydrolyse des liaisons peptidique te permets de reconstituer la structure primaire. Tu ne dois donc en aucun cas sauter une étape, sinon tu perdras des "indices" précieux.
Les produits utilisés (ou enzymes) hydrolysent des liaisons différentes, donc tu peux déjà reconstituer les liaisons.
Et ta remarque sur le BrCN n'est pas fondée (on a aucune méthode décrite ici pour identifier les structure secondaires ou tertiaires).
Et tu recopies ensuite les acides aminés dans l'ordre de la première étape, ce qui prouve que tu n'as pas compris quel était l'effet d'une hydrolyse acide.

[jojok10]

Je vous ai donné l'énoncé en entier...

J'ai remarqué que l'on utilise pas toutes les actions sur le même peptide mais on compare l'action de chaque molécule sur le même peptide P sain.

j'avais déjà étudié votre lien mais ca ne m'a pas aidé.Merci quand même

D'autre suggestion?

[teto]

D'autre suggestions?
Je rêve!
Si avec le lien que je t'ai donné (qui donne des détails sur les produits utilisés dans ton exercice et leur mode d'action) plus les remarques que j'ai déjà faites tu n'arrives pas à faire l'exercice, alors soit tu veux qu'on te donne directement la réponse, soit tu devrais te poser des questions sur ta place en prépa.

[jojok10]

J'ai bien avancé mais il me manque une info.Voila :

Le DNFB permet de déterminer le résidu N-terminal,ici c'est la Sérine car DNP-Ser donc la sérine est le 1er acide aminé

La trypsine permet l'hydrolyse de la liaison peptidique du coté C-ter de l'arginine et de la lysine (sauf si le résidu suivant est une proline) donc l'action de la trypsine forme 3 peptide.En sachant que le DNP-Ser est le 1er a.a alors l'arginine est le 6eme et la lysine le 11eme.

C'est ici que je suis un peu perdu,l’utilisation de la carboxypeptidase A permet l'hydrolyse de touts les liaisons sauf celles qui présentent un résidu arginine,lysine ou proline en position C-ter.Il y a une libération majoritaire d'alanine donc logiquement l'alanine ne doit pas être à coté d'une Arg,Lys ou Pro.

La chymotrypsine permet l'hydrolyse au niveau des résidus aromatiques,donc au niveau de Tyr,Phe et de Thr.On sait que Ser est le 1er a.a donc Tyr est le 3eme.Ensuite on sait que Arg est le 6eme a.a qui est présent dans le PC3 et non dans le PC1 donc Phe est le 12eme a.a.La Thr est le dernier a.a car sinon il y aura 4 peptides.

Le BrCN coupe le peptide en 2 en hydrolysant la méthionine et en la remplacant par une Homosérine.Donc vue que Ser est le 1er a.a qui est présent dans le PB1 on peut dire que la Met est le 8 eme a.a.

Récapitulons :

NH3+ Ser- -Tyr- - -Arg- - Met- - -Lys-Phe- - -Thr COO-

Ensuite on peut dire par logique que le 2eme a.a est Gly car dans PC2: Ser (1) et Tyr (3)
Au niveau de PT3 : Ser (1) Glys (2) Tyr (3) Arg(6), on ne peut pas mettre l'alanine à gauche de Arg donc Ala(4) et donc His (5)
Au niveau de PB1:on a placé les 6 premiers acides aminés et il reste Asp à placer donc Asp est le 7eme a.a

C'est la le probléme j'ai 3 alternatives possible mais il me manque 4 acides aminés à placer.

Glu en 9 ou 10
Gly en 9 ou 10
Ala en 13 ou 14
Cys en 13 ou 14

Je ne trouve pas d'autre info pour pouvoir faire le bon choix pour les placer.Voila je pense avoir bien détailler et l'avoir potassé

[jojok10]

Pas de réponse,tampis.Merci quand même