Colle

pour les eleves en BCPST, et les autres

Messages : 58

Enregistré le : 16 déc. 2012 15:43

Classe : 1A

Colle

Message par J_15 » 26 déc. 2012 18:39

Bonjour à tous!
Avant tout, bonnes fêtes à tous, j'espère que vous en profitez bien :)
Mais la prépa n'offre pas deux semaines de repos total, alors, plein de motivation, j'ai ouvert ma liste de sujet de colle pour la rentrée en Bio, et là c'est le drame..
"L'Acétyl CoA". Youpi! non très franchement, il y a à la fois trop de choses à dire sur ce sujet, et puis finalement pas tant..
Enfin, mon gros soucis est de trouver un plan, puisque le fameux "qu'est ce que c'est, d'où ça vient, à quoi ça sert" marche très bof là..
Alors, si entre deux papillottes, vous aviez le coeur à me donner un coup de main, vous seriez très gentils!
Bonne soirée à tous,
Cordialement.
2012-2014: BCPST (lycée Carnot, Dijon)
2014-: ENSG Nancy

Messages : 1119

Enregistré le : 19 mars 2009 11:24

Classe : Ingé

Localisation : Aix-en-Provence

Re: Colle

Message par shadowmiko » 27 déc. 2012 18:24

Salut :) !

Ben déjà avec tes trois questions tu as matière à réfléchir. Une fois que tu as gribouillé quelque part toutes les idées que tu en as extirpé, on pourra commencer à parler d'organisation en plan ;)
2014-2017 : Thèse
2011-2014 : ENSG Nancy spécialité GGMPM / M2R GPRE-T&P
2009-2011 : BCPST Toulouse-Auzeville

« La nature humaine, si elle évolue, ce n'est guère plus vite que le profil géologique de la terre.» Alexandre Soljenitsyne

Messages : 3007

Enregistré le : 27 févr. 2008 19:02

Classe : PostDoc

Localisation : Allemagne

Re: Colle

Message par Aguila » 27 déc. 2012 21:53

Ca me rapelle mon sujet d'oral au concours : "le glucose" :mrgreen:

Réponds à tes 3 questions au brouillons.
En général ce type de sujet ça se traite un peu en mode :
I-Dans le mécanisme 1
I-1.Ca fait ça...
I-2. et ça
II-Dans le mécanisme 2
...

Ou en remplaçant les mécanismes par des échelles.
2017-... : PostDoc IPK Gatersleben, Allemagne
2013-2016 : Thèse de génétique végétale, IRD Montpellier
2010-2013 : Montpellier SupAgro spé APIMET
2008-2010 : BCPST Masséna, Nice

Messages : 58

Enregistré le : 16 déc. 2012 15:43

Classe : 1A

Re: Colle

Message par J_15 » 29 déc. 2012 13:03

Tout d'abord merci à vous deux de répondre ;)
Ahah, pour le glucose, on a u_n prof quand il donne le sujet, il dit: "le glucose, sa vie son oeuvre" en gros, le truc hyper vaste!
Le type de sujet où perso je vois plus le I. Qu'est ce que c'est? (glucose: hexose, naturel donc série D, cyclisé en forme alpha ou Beta),II d'ou ça vient? (glucose: toute forme de nutrition ou oxydation glycogène, amidon, transport via le sang(animaux), rôle des perméases au glucose dans l'apport aux cellules, symport Na,glucose des cellules épithéliales), III A quoi ça sert? (les réserves, substrat énergétique essentiel du catabolisme oxydatif)

Alors Shadowmiko, sur l'AcétylCoA, je sais qu'il est produit par oxydation du pyruvate issu de la glycolyse, ou de la Beta oxydation des acides gras, et qu'il est ensuite consommé dans le cycle de Krebs, et qu'il joue alors un rôle central dans le catabolisme oxydatif(pour résumer en gros). Mais mon gros problème est d'organiser toutes mes idées sous forme d'un plan conforme à une colle, sans faire un pauvre copié collé de mon cours, et de savoir me limiter dans le sujet: le gros souci pour moi avec tout ces sujets sur "la glycolyse et sa régulation", "les phosphorylations au niveau du substrat", "le pyruvate", etc.., est de savoir où commencer et où m'arrêter; on peut pas se permettre d'exposer toutes les réactions en jeu, c'est hors sujet et bien trop long, mais on peut pas non plus envisager l'acétylCoA comme ça, à partir de l'oxydation du pyruvate, sans au moins expliquer que le pyruvate est le produit de la glycolyse... Alors forcément, faire un plan devient plus dur..
2012-2014: BCPST (lycée Carnot, Dijon)
2014-: ENSG Nancy

Messages : 58

Enregistré le : 16 déc. 2012 15:43

Classe : 1A

Re: Colle

Message par J_15 » 29 déc. 2012 13:07

Aguila, merci, j'avais pas du tout pensé à ce type de plan! je vais essayer de voir pour trouver des idées comme ça, pour ce sujet, et peut être un ou deux autres..
Pourrai-je les poster ici et vous demandez votre avis à tout les deux sans trop abuser de votre gentillesse?
En tout cas les colles, c'est pas forcément une partie de plaisir à tout les coups, à part les coupes en BV ^^'
2012-2014: BCPST (lycée Carnot, Dijon)
2014-: ENSG Nancy

Messages : 3538

Enregistré le : 30 oct. 2007 14:36

Re: Colle

Message par heavenhel » 29 déc. 2012 14:12

Pose toi une question, pourquoi l'acetylCoA est-il se carrefour métabolique ? Quelles sont ses propriétés qui lui permettent d'être ce carrefour ?

Une fois tout ça vu, va se poser la question de sa formation et de sa dégradation : comment est-elle possible d'un point de vue chimique ? Qu'est-ce qui la rend possible ? Tu n'as pas besoin de sortir toute ta glycolyse, par contre tu vas avoir besoin des étapes clés : réaction de la formation du AcCoA (avec explication des DeltarG et tout le toin toin), idem pour sa dégradation...

En métabo (et pas qu'en métabo d'ailleurs), la chose la plus importante est de prendre du recul et de bien poser le problème.

Messages : 58

Enregistré le : 16 déc. 2012 15:43

Classe : 1A

Re: Colle

Message par J_15 » 29 déc. 2012 20:49

Là comme ça, je dirai que c'est un carrefour métabolique pour deux raisons:
-Pour que les oxydations respiratoires puissent avoir lieu, il faut "modifier" le pyruvate issu de la glycolyse, afin qu'il atteigne un niveau énergétique adéquat pour que les réactions à venir du cycle de Krebs puissent avoir lieu, que le couplage des réactions donnent une réaction globale exergonique, ne nécessitant pas d'apport d'énergie extérieur à celui des molécules engagées dans ces couplages .
-l'acétyl issu du pyruvate se lie à la CoenzymeA par une liaison thioester, à très fort potentiel d'hydrolyse, donc un delta G important en valeur absolue, et l'hydrolyse exergonique de cette liaison pourra donc être couplée à d'autres réactions endergoniques, de telle sorte que le delta G globale des deux réactions couplées soit négatif. L'AcétylCoA est donc une molécule parfaite dans ce rôle.

Ensuite, oui, je vois en gros ce qu'il serait possible de faire pour formation à partir du pyruvate, des acides gras, ou des acides aminés par transamination en pyruvate, puis dégradation au cours du cycle de Krebs. En détaillant les réactions importantes. Et expliquer en quoi c'est possible chimiquement, encore et toujours raisonner sur les deltaG0', tout en discutant de leurs valeurs, puisqu'ils ne rendent pas toujours compte des conditions physiologiques. Mais en gros, on en revient aux même considérations à tout les coups non? Nécessité d'avoir des substrats avec des liaisons à fort potentiel d'hydrolyse, suffisant pour permettre le couplage à la formation d'ATP, but de la respiration, et il en est de même pour les réactions intermédiaires, non?

Mais oui, c'est certain, là il faut beaucoup de recul. Jusqu'à maintenant, ça allait, mais là, en métabo, j'ai vraiment bien plus de mal.
Merci en tout cas de votre aide, ça me permet en plus de voir si j'ai bien compris, parce que prendre du recul quand on s'est planté, c'est forcément plus compliqué, il y a quelque part où ça coincera..
2012-2014: BCPST (lycée Carnot, Dijon)
2014-: ENSG Nancy

Messages : 58

Enregistré le : 16 déc. 2012 15:43

Classe : 1A

Re: Colle

Message par J_15 » 03 janv. 2013 10:43

Bonjour à tous! Alors comme je l'avais dit, j'ai essayé de faire un ou deux plans en tenant compte de vos différentes remarques!
Alors pour le sujet "le pyruvate":
I. les voies métaboliques conduisant à la formation du pyruvate
A. La glycolyse
B. La transamination

II. Le pyruvate, un carrefour métabolique
A. Un produit de la glycolyse, voie métabolique présente dans toutes les Cellules vivantes (il me semble..)
Le pyruvate est donc une molécule universelle et sa formation procure de l'énergie aux cellules, pour certaines c'est même la seule voie de formation d'ATP (à détailler plus tard, juste exposer un rapide bilan de la glycolyse)
B. La formation du pyruvate est régulée et s'adapte donc aux cdts de vie cellulaire
--> Selon la perméabilité au glucose: 5 perméases au glucose, donc apport différent selon les types cellulaires.
-->glycolyse: 10 étapes faisant intervenir 10 enzymes, contrôlées selon l'environnement (pH, T°), différents inhibiteurs compétitifs ou non, des agents dénaturants, ou des effecteurs allostériques pour les enzymes à structure quaternaire. Peut être ne détailler brièvement qu'un exemple, avec la PFK1, en citant les différents effecteurs, d'où un contrôle très fin, et une formation de pyruvate répondant aux besoins de la cellule.
C. Un état oxydé partiel fondamental
provient de l'ox. partielle du glucose, encore 4H pour 3O (sous forme d'acide pyruvique Me-CO-COOH)
--> Peut encore être oxydé
--> Peut déjà être réduit
Molécule formée d'une manière générale, mais dont la dégradation s'adaptera selon les cdts de vie cellulaire.

III. La dégradation du pyruvate est variable
A. En anaérobiose.
certains protozoaires ne vivent qu'en aérobiose (vers intestinaux, etc)
glycolyse, seul apport d'ATP, mais pour qu'elle tourne, il faut oxyder les NADH,H+ formés par la glycolyse.
--> Role du pyruvate: réduction couplée à l'oxydation des transporteurs d'électrons.
2 cas: -fermentation lactique (myocytes après un effort bref et intense)
- alcoolique (décarboxylation du pyruvate puis réduction en éthanol) (levures)
Intérêt pour l'Homme: boissons alcoolisées, yaourts, etc, donc pyruvate essentiel.
B. En aérobiose
traitons le cas de C. Euca, sachant que les réactions pour les Proca seraient similaires dans le cytosol.
1)entrée du pyruvate dans la matrice mitochondriale avec symport H+/pyruvate
2)formation d'AcétylCoA par la pyruvate Déshydrogénase, couplée à la réduction de NAD+ et formation d'un CO2
intérêt: liaison thioester de AcétylCoA à fort potentiel d'hydrolyse, qui sera couplée à d'autres réactions endergoniques, permettant la formation de NADH,H+ et FADH2 dans le cycle de Krebs, avec des e- à haut potentiel RedOx, ce qui permettra la synthèse d'ATP par la chaine respiratoire dans la membrane interne mitochondriale.
C. Rendement comparé
Aérobiose:36 à 38%
Anaérobiose:2%
expliquer le calcul.
--> Selon les conditions le Pyruvate n'est qu'un intermédiaire permettant au cycle de tourner, ou bien une molécule avec de l'énergie potentielle, qui va poursuivre son oxydation complète dans les oxydations respiratoires.
2012-2014: BCPST (lycée Carnot, Dijon)
2014-: ENSG Nancy

Messages : 58

Enregistré le : 16 déc. 2012 15:43

Classe : 1A

Re: Colle

Message par J_15 » 03 janv. 2013 10:44

Qu'en pensez vous du coup?
Bonne journée à tous!
2012-2014: BCPST (lycée Carnot, Dijon)
2014-: ENSG Nancy

Messages : 3538

Enregistré le : 30 oct. 2007 14:36

Re: Colle

Message par heavenhel » 03 janv. 2013 11:42

Juste une question, tu es en sup ou en spé ? Si tu es en sup, chapeau bas pour le recul que tu as sur ces chapitres.

Quelques commentaires. Tout d'abord sur ce que tu as dit, ensuite, je verrais pour le plan en lui-même. Il manque une intro et une conclusion (je sais que tu sais qu'il faut en faire une, par contre, l'intro permet de montrer la logique de ton plan donc avec ton intro une partie des remarques que je vais faire va peut-être disparaitre et la conclusion c'est le bouquet final).

J_15 a écrit :Alors pour le sujet "le pyruvate":
I. les voies métaboliques conduisant à la formation du pyruvate
A. La glycolyse
B. La transamination

Vérifie mais je ne suis pas sûre que la transamination soit au programme. Si tel n'est pas le cas, il faut que tu enlèves cette partie et que tu trouves un moyen de l'équilibrer.

II. Le pyruvate, un carrefour métabolique
A. Un produit de la glycolyse, voie métabolique présente dans toutes les Cellules vivantes (il me semble..)

Toutes les cellules vivantes ne font pas de glycolyse. C'est un peu vieux pour moi mais il existe trois types de fermentations (par fermentation j'entends tout le processus, pas juste les quelques réactions de recyclage final) avec un seul type dont la glycolyse est la première partie. De mémoire, je dirais que tous les eucaryotes font de la glycolyse. Toutes les bactéries n'en font pas c'est sûr et je doute vraiment que toutes les Archées en fasse (mais je connais pas d'exemple pour te le prouver totalement).

Le pyruvate est donc une molécule universelle et sa formation procure de l'énergie aux cellules, pour certaines c'est même la seule voie de formation d'ATP (à détailler plus tard, juste exposer un rapide bilan de la glycolyse)

Bon du coup enlève le universel.
Ensuite, il faut que tu montres où et comment la formation du pyruvate procure de l'énergie et que tu expliques pourquoi (potentiel chimique du pyruvate vs potentiel chimique du glucose, réactions redox...)
Remarque en passant, il faut travailler avec les DeltarG et non les DeltarG0 (de mémoire les ' sont pour le pH cellulaire donc utilise ceux qui sont primés).
Ensuite, demande-toi : la formation du pyruvate procure-t-elle de l'énergie ou bien la production de l'énergie conduit-elle à la formation de pyruvate ?

B. La formation du pyruvate est régulée et s'adapte donc aux cdts de vie cellulaire
--> Selon la perméabilité au glucose: 5 perméases au glucose, donc apport différent selon les types cellulaires.
-->glycolyse: 10 étapes faisant intervenir 10 enzymes, contrôlées selon l'environnement (pH, T°), différents inhibiteurs compétitifs ou non, des agents dénaturants, ou des effecteurs allostériques pour les enzymes à structure quaternaire. Peut être ne détailler brièvement qu'un exemple, avec la PFK1, en citant les différents effecteurs, d'où un contrôle très fin, et une formation de pyruvate répondant aux besoins de la cellule.

Attention, tu es passé sans le dire de tout le vivant à un bout d'eucaryote. En soit, la permébilité au glucose, c'est bien mais je ne pense pas que cela soit le plus important. D'ailleurs, chez les mammifères, elle sert aussi (surtout) à réguler la concentration en glucose du milieu intérieur. Je verrais plus quelque chose sur le maintien de la concentration intracellulaire en glucose grâce à d'une part ces fameuses perméases, mais aussi à l'équilibre de formation du glycogène chez les animaux et les champignons (bon si tu préfères l'amidon te prive pas mais ne détaille pas les deux). Là aussi, pourquoi régules-t-on la concentration en glucose ? Pour réguler la formation de pyruvate ? Ou pour une autre raison ?
Remarque en passant, le pyruvate est un inhibiteur de je ne sais plus quelle PFK. Ça peut être intéressant de le faire remarquer.

C. Un état oxydé partiel fondamental
provient de l'ox. partielle du glucose, encore 4H pour 3O (sous forme d'acide pyruvique Me-CO-COOH)
--> Peut encore être oxydé
--> Peut déjà être réduit
Molécule formée d'une manière générale, mais dont la dégradation s'adaptera selon les cdts de vie cellulaire.

Montre moi cette adaptation. Où a-t-elle lieu ? Pourquoi ?

III. La dégradation du pyruvate est variable
A. En anaérobiose.
certains protozoaires ne vivent qu'en aérobiose (vers intestinaux, etc)

Les vers intestinaux ne sont pas des protozoaires. En fait, tu peux même oublier la notion de protozoaires.
Je dirais que certains organismes ont pour milieu un milieu anaérobique. Ils ne réalisent donc pas de respiration oxygénée et certains d'entre eux utilisent des voies à glycolyse pour fabriquer de l'énergie. Tu peux citer le kilo de bactéries que tu as dans l'intestin en exemple.

glycolyse, seul apport d'ATP, mais pour qu'elle tourne, il faut oxyder les NADH,H+ formés par la glycolyse.
--> Role du pyruvate: réduction couplée à l'oxydation des transporteurs d'électrons.

je dirais recycler en oxydant.

2 cas: -fermentation lactique (myocytes après un effort bref et intense)
- alcoolique (décarboxylation du pyruvate puis réduction en éthanol) (levures)
Intérêt pour l'Homme: boissons alcoolisées, yaourts, etc, donc pyruvate essentiel.

Tu ne peux pas vraiment dire que les myocytes vivent en milieu anaérobie. Tu peux dire que lors d'un effort physique long et stable le milieu est anaérobie dû l'utilisation de la fermentation. Note au passage que certaines bactéries font de la lactique.
Je ne dirais pas que le pyruvate est important pour l'homme ; je dirais que l'homme a appris à utiliser cette fermentation pour la création de produits alimentaires.

B. En aérobiose
traitons le cas de C. Euca, sachant que les réactions pour les Proca seraient similaires dans le cytosol.
1)entrée du pyruvate dans la matrice mitochondriale avec symport H+/pyruvate

Attention, une cellule procaryote n'aura pas besoin de faire rentrer son pyruvate.
Je ne veux pas dire d'ânerie mais de mémoire, il y a deux types de couplages d'entrée.

2)formation d'AcétylCoA par la pyruvate Déshydrogénase, couplée à la réduction de NAD+ et formation d'un CO2
intérêt: liaison thioester de AcétylCoA à fort potentiel d'hydrolyse, qui sera couplée à d'autres réactions endergoniques, permettant la formation de NADH,H+ et FADH2 dans le cycle de Krebs, avec des e- à haut potentiel RedOx, ce qui permettra la synthèse d'ATP par la chaine respiratoire dans la membrane interne mitochondriale.

Les électrons n'ont pas de potentiels redox, les molécules qui les portent si.
Ensuite, cela conduit à la formation d'ATP (attention au verbe permettre à toutes les sauces).

C. Rendement comparé
Aérobiose:36 à 38%
Anaérobiose:2%
expliquer le calcul.

Ça c'est mal, très mal. C'est très mal parce que dans le calcul de ton rendement, tu oublies l'énergie contenu dans les produits de fermentation. Or cette énergie est utilisée par tout un tas de trucs qui s'en portent très bien.
En fait, la glycolyse a un super rendement (de l'ordre de 90% de mémoire), la respiration perd de l'énergie. Mais surtout, la fermentation a deux avantages sur la respiration :
- elle est plus rapide (et c'est utile quand on est une fibre blanche par exemple) ;
- elle est moins complexe. Pourquoi dont un organisme s'embêterait-il à faire de la respiration s'il est dans un milieu où il ne manque pas de produits d'entrée dans la glycolyse ? Il n'a aucun intérêt, au contraire. Il dépensera de l'énergie à faire tout un barda respiratoire qui sera plus lent. Ces petits camarades qui ne font pas de respiration eux ne perdront pas cette énergie d'une part et d'autre part obtiendront de l'énergie plus vite.

--> Selon les conditions le Pyruvate n'est qu'un intermédiaire permettant au cycle de tourner, ou bien une molécule avec de l'énergie potentielle, qui va poursuivre son oxydation complète dans les oxydations respiratoires.

Yep

En terme de plan, il me manque une partie où tu me dessines un beau pyruvate et où tu travailles dessus. Pourquoi est-ce un oxydant ? (et quelles conséquences ?) Pourquoi est-ce un réducteur ? Regarde son DeltarG dans une cellule, compare le à celui du glucose... Bref, une partie très chimique permettant de bien connaître la molécule.

En tout cas, c'est du beau boulot. :wink:

Répondre