Le seul moyen que je vois, c'est de convaincre l'école que cette année va bien se passer, et donc de ne pas faire d'année joker mais directement une intégration dans le département voulu. Après, l'élève prend le risque du redoublement, et donc d'un CIR (si ça porte toujours ce nom là).
L'école ne récupère pas le salaire non versé, ce sont des budgets séparés. Son risque est celui d'un élève payé qui échoue en première année, et qui part : bref, d'une erreur de recrutement.
Oui : un second (troisième) M2, un autre diplôme dans une école d'ingénieur ou université, ... L'année dans un labo à l'étranger peut être une bonne solution. Après, une des difficultés en thèse est d'avoir un financement : tu la commence quand le financement est là, tant pis si ça te fait perdre un an de salaire de normalien (tu es mieux payé en thèse qu'en tant que normalien, donc tu y gagnes).
A mon époque, il y avait un bricolage pour ceux avec une année de salaire restante au moment du début de la thèse : la mise en congé. Si la thèse avait des problèmes à démarrer, le congé prenait fin et le salaire recommençait à tomber, le temps de régulariser la thèse.