Maturation transcrit primaire

pour les eleves en BCPST, et les autres
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Maturation transcrit primaire

Message par leroisinge » 28 sept. 2020 09:10

Bonjour,

Pouvez vous m’éclairer sur des notions de biologie moléculaire s’il vous plait ? Plus précisément la maturation du transcrit primaire et l’ajout d’une coiffe et d’une queue.

-Ajout de la coiffe Me-G-PPP en 5’ :
Je ne comprends pas bien le processus par lequel on passe pour obtenir le Cap 0, 1 et 2. En fait, j’ai un peu de mal avec les termes phosphatase, guanylyl transférase et méthylase…De plus, je voudrais savoir ce que sont les phosphates γ, β et α. Je n’ai pas de définition des ces termes dans mon cours.

-Ajout de la queue poly A :
Mon cours dit que l’ajout de la queue poly A se fait en deux étapes
. La première étape : une endonucléase clive le transcrit à environ 15-20 nucléotides après la boite de polyadénylation AAUAAA et élimine l’extrémité 3’ du transcrit primaire par hydrolyse de la liaison phosphodiester.
On est censé ajouter une queue, pourquoi y a-t-il un clivage ? Pourquoi l’endonucléase va cliver le transcrit ? Je ne comprends pas bien également où a lieu ce clivage.
. La deuxième étape : la poly A polymérase ajoute des AMP (adénylates) en utilisant l’énergie libérée par l’hydrolyse d’ATP. Elle agit sans matrice mais utilise l’extrémité 3’OH du transcrit comme amorce.
Cette deuxième étape me parait floue, pouvez vous m'éclairer s'il vous plait ?

Merci de votre attention,
Bonne journée

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par Hika » 28 sept. 2020 17:24

leroisinge a écrit :
28 sept. 2020 09:10
Bonjour,
Salut,
leroisinge a écrit :
28 sept. 2020 09:10
-Ajout de la coiffe Me-G-PPP en 5’ :
Je ne comprends pas bien le processus par lequel on passe pour obtenir le Cap 0, 1 et 2. En fait, j’ai un peu de mal avec les termes phosphatase, guanylyl transférase et méthylase…De plus, je voudrais savoir ce que sont les phosphates γ, β et α. Je n’ai pas de définition des ces termes dans mon cours.
Alors la nomenclature des phosphate fait référence à leur position par rapport au squelette carboné du nucléoside (sucre + base), soit α, β et γ à partir du carbone 5 du ribose. Le plus proche est le α, puis le β et le γ en bout de chaîne. La coiffe/cap, c'est une 7-méthyl-guanosine portée par le Phosphate γ en 5' de l'ARNpm. La cap 1 et 2 correspondent à des modifications post-transcriptionnelles du ribose avec des hydroxylations; je n'en ai pas entendu parler depuis quelques années, pas certain que ce soit crucial sauf si tu as des exemples biologiques pour exposer cette notion en synthèse/colle ?
leroisinge a écrit :
28 sept. 2020 09:10
-Ajout de la queue poly A :
Mon cours dit que l’ajout de la queue poly A se fait en deux étapes
. La première étape : une endonucléase clive le transcrit à environ 15-20 nucléotides après la boite de polyadénylation AAUAAA et élimine l’extrémité 3’ du transcrit primaire par hydrolyse de la liaison phosphodiester.
On est censé ajouter une queue, pourquoi y a-t-il un clivage ? Pourquoi l’endonucléase va cliver le transcrit ? Je ne comprends pas bien également où a lieu ce clivage.
. La deuxième étape : la poly A polymérase ajoute des AMP (adénylates) en utilisant l’énergie libérée par l’hydrolyse d’ATP. Elle agit sans matrice mais utilise l’extrémité 3’OH du transcrit comme amorce.
Cette deuxième étape me parait floue, pouvez vous m'éclairer s'il vous plait ?
Tu fais appel à mes lointains souvenirs mais il me semble qu'au cours de la transcription, l'ARNpol va plus loin que nécessaire, enfin plus loin que la polyA box. Une endonucléase clive le transcrit après AAUAAA. Il me semble que c'est une histoire à la fois de gène stérique et aussi reconnaissance de la boîte. En fait, d'autres protéines interviennent pour l'ajout de la queue polyA et ces protéines doivent reconnaître la boîte AAUAAA, dont PABP. La reconnaissance est moins efficace voire impossible si cette séquence est "encombrée", "cachée" par une longue séquence en 3' d'où le clivage. Info à vérifier, ça fait bien 2 ans que j'ai pas traité ce sujet.

Pour le second point, l'hydrolyse de l'ATP en AMP + PP libère l'énergie nécessaire à l'enzyme pour ajouter cet AMP à l'extrémité 3'OH de l'ARNpm. C'est une réaction de condensation où le O du 3'OH est lié covalemment au Phosphate de l'AMP qui vient d'être ajouté (et ainsi de suite pour tous les A ajoutés).
leroisinge a écrit :
28 sept. 2020 09:10
Merci de votre attention,
Bonne journée
J'espère avoir été clair, n'hésite pas s'il y a une incompréhension, ça me force à mobiliser mes souvenirs de bio ^^

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par leroisinge » 28 sept. 2020 20:54

Merci pour ta réponse.
Hika a écrit :
28 sept. 2020 17:24
Alors la nomenclature des phosphate fait référence à leur position par rapport au squelette carboné du nucléoside (sucre + base), soit α, β et γ à partir du carbone 5 du ribose. Le plus proche est le α, puis le β et le γ en bout de chaîne. La coiffe/cap, c'est une 7-méthyl-guanosine portée par le Phosphate γ en 5' de l'ARNpm. La cap 1 et 2 correspondent à des modifications post-transcriptionnelles du ribose avec des hydroxylations; je n'en ai pas entendu parler depuis quelques années, pas certain que ce soit crucial sauf si tu as des exemples biologiques pour exposer cette notion en synthèse/colle ?
Dans mon cours, il y a des alpha, béta et gamma mais pour les lipides.

tu as dis :"...à partir du carbone 5 du ribose. Le plus proche est le α, puis le β et le γ en bout de chaîne."

C'est quoi le carbone 5 ?
Le plus proche du carbone 5 c'est alpha, puis béta etc... c'est ca ?

Pour la méthylase, c'est le transfert d'un méthyl sur l'azote n°7 de la guanine. C'est quoi l'azote 7 ?

La méthylase correspond aussi au transfert d'un méthyl sur la fonction alcool en 2' des riboses vivants... en 2' ? Ca existe ? En 2' ? C'est pas plutot 5' ? car 2 est en dessous de 5 sur le clavier.

Hika a écrit :
28 sept. 2020 17:24
Tu fais appel à mes lointains souvenirs mais il me semble qu'au cours de la transcription, l'ARNpol va plus loin que nécessaire, enfin plus loin que la polyA box.
Tu dis que ca va plus loin que la polyA box. Mais la poly A doit etre rajoutée après ? Non ? La queue polyA est rajoutée après la transcrition.

- Est ce que l'ARN pré messager c'est le transcrit primaire ? Oui, selon moi.
- Dans le mot "PolyA", A désigne "adénylate" ? c'est ca ? ou Adénine ?

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par Hika » 28 sept. 2020 21:11

leroisinge a écrit :
28 sept. 2020 20:54
Dans mon cours, il y a des alpha, béta et gamma mais pour les lipides.
tu as dis :"...à partir du carbone 5 du ribose. Le plus proche est le α, puis le β et le γ en bout de chaîne."
C'est quoi le carbone 5 ?
Le plus proche du carbone 5 c'est alpha, puis béta etc... c'est ca ?
Le carbone 5, c'est le carbon noté " CH2 " dans l'image ci-dessous. Ton prof n'a pas abordé les macromolécules avec de finir sur les acides nucléiques pour poursuivre sur la génétique ?
SPOILER:
Image
leroisinge a écrit :
28 sept. 2020 20:54
Pour la méthylase, c'est le transfert d'un méthyl sur l'azote n°7 de la guanine. C'est quoi l'azote 7 ?

La méthylase correspond aussi au transfert d'un méthyl sur la fonction alcool en 2' des riboses vivants... en 2' ? Ca existe ? En 2' ? C'est pas plutot 5' ? car 2 est en dessous de 5 sur le clavier.
Le N7 (N=azote), c'est celui de la base azotée de la guanine. Ta N7-guanosine c'est un nucléotide modifié en fait. Une méthylase, c'est une enzyme qui vient greffer un CH3 (groupement méthyle) sur un atome : il en existe plein avec des fonctions différentes. Certaines vont ajouter un CH3 sur un certain type de molécule, à une position précise; tout dépend de la spécificité de l'enzyme mais tu verras ça plus tard dans l'année.
leroisinge a écrit :
28 sept. 2020 20:54
Tu dis que ca va plus loin que la polyA box. Mais la poly A doit etre rajoutée après ? Non ? La queue polyA est rajoutée après la transcrition.

- Est ce que l'ARN pré messager c'est le transcrit primaire ? Oui, selon moi.
- Dans le mot "PolyA", A désigne "adénylate" ? c'est ca ? ou Adénine ?
Ah non, il me semble que la polyA box n'est pas ajoutée, elle est transcrite par l'ARNpol. Par contre la queue est ajoutée après la transcription de l'ARNpm. Oui l'ARNpm c'est ton transcrit en sortie de transcription, il est pas encore mature (pas de coiffe ni queue). Pour la terminologie, tu me poses une colle. On dit " queue polyadénylée ", donc peut-être adénylate. En tout cas, ça ne peut pas être adénine qui est la base azotée et non le nucléonique (si c'est le cas, je serais vraiment surpris).

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par leroisinge » 29 sept. 2020 18:12

Coucou, merci pour ton long message !
Hika a écrit :
28 sept. 2020 17:24
Alors la nomenclature des phosphate fait référence à leur position par rapport au squelette carboné du nucléoside (sucre + base), soit α, β et γ à partir du carbone 5 du ribose. Le plus proche est le α, puis le β et le γ en bout de chaîne. La coiffe/cap, c'est une 7-méthyl-guanosine portée par le Phosphate γ en 5' de l'ARNpm. La cap 1 et 2 correspondent à des modifications post-transcriptionnelles du ribose avec des hydroxylations; je n'en ai pas entendu parler depuis quelques années, pas certain que ce soit crucial sauf si tu as des exemples biologiques pour exposer cette notion en synthèse/colle ?
Merci beaucoup, j'ai compris pour la nomenclature, surtout avec la pièce jointe que je me suis empressé d'imprimer !
Hika a écrit :
28 sept. 2020 21:11
Ton prof n'a pas abordé les macromolécules avec de finir sur les acides nucléiques pour poursuivre sur la génétique ?
Euh... on a commencé par la biologie moléculaire... puis, on fait les protéines ;)
(lors de la pré rentrée, on a vu les protéines, lipides et glucides)
Hika a écrit :
28 sept. 2020 21:11
Ah non, il me semble que la polyA box n'est pas ajoutée, elle est transcrite par l'ARNpol. Par contre la queue est ajoutée après la transcription de l'ARNpm. Oui l'ARNpm c'est ton transcrit en sortie de transcription, il est pas encore mature (pas de coiffe ni queue). Pour la terminologie, tu me poses une colle. On dit " queue polyadénylée ", donc peut-être adénylate. En tout cas, ça ne peut pas être adénine qui est la base azotée et non le nucléonique (si c'est le cas, je serais vraiment surpris).
La voila la clée du problème ! Qu'est ce que la polyA box ? Est ce que c'est la séquence AAUAAA ? (il n'y a pas le terme polyA box dans mon cours, je le confondais donc avec la queue polyA)

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par Hika » 29 sept. 2020 21:26

Hika a écrit :
28 sept. 2020 21:11
Ah non, il me semble que la polyA box n'est pas ajoutée, elle est transcrite par l'ARNpol. Par contre la queue est ajoutée après la transcription de l'ARNpm. Oui l'ARNpm c'est ton transcrit en sortie de transcription, il est pas encore mature (pas de coiffe ni queue). Pour la terminologie, tu me poses une colle. On dit " queue polyadénylée ", donc peut-être adénylate. En tout cas, ça ne peut pas être adénine qui est la base azotée et non le nucléonique (si c'est le cas, je serais vraiment surpris).
La voila la clée du problème ! Qu'est ce que la polyA box ? Est ce que c'est la séquence AAUAAA ? (il n'y a pas le terme polyA box dans mon cours, je le confondais donc avec la queue polyA)
[/quote]

Oui la boîte poly(A) (poly(A) box) c'est bien AAUAAA.
Je n'ai vu qu'après que tu étais en PACES, tout s'éclaire !

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par leroisinge » 29 sept. 2020 21:38

Hika a écrit :
29 sept. 2020 21:26
Je n'ai vu qu'après que tu étais en PACES, tout s'éclaire !
Pourquoi tout s'éclaire ?

J'ai une autre question : c'est quoi la boite de polyadénylation ? C'est la boite polyA ? C'est à dire AAUAA ?

On est bien d'accord que la boite polyA, ce n'est pas la même chose que la queue polyA ?

Bonne soirée !

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par Hika » 29 sept. 2020 21:59

Boîte de polyadénylation = boite polyA = séquence AAUAAA
C'est la séquence sur laquelle les protéines d'ajout de la queue (PABP et compagnie) vont reconnaître, fixer, pour pouvoir ajouter les AMP et donc synthétiser la queue.
Fais un schéma avec les différentes étapes, ça t'aidera.

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Re: Maturation transcrit primaire

Message par leroisinge » 29 sept. 2020 22:05

Ah d'accord merci !
J'ai deja fais un schéma (j'adore ca !)
C'était juste le vocabulaire que me génait !

J'espère qu'on se "reverra" bientot sur le forum !

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