Salut !
Je vais restreindre ma réponse à ce que je connais : la physique à Saclay.
Le terme de ''magistère'' pour désigner les normaliens étudiants (sans le statut fonctionnaire donc) n'est jamais utilisé parce qu'il prête justement à confusion avec le magistère qui est une formation différente
Concrètement, ce sont les troncs communs de L3 et de M1 de physique fonda auxquels on ajoute des options supplémentaires à choisir dans le menu ainsi que des cours entièrement propres au magistère.
Tout le tronc commun est mutualisé entre l'ENS Saclay, le magistère d'Orsay et les L3/M1 hors magistère.
Puisque le sujet a l'air plutôt porté sur les différences entre l'ENS Saclay et le magistère, voici un ordre d'idée :
- En L3 les normaliens ont de la chimie obligatoire (au cas-où, pour l'agrégation), ainsi qu'un cours de physique numérique en Python. Ils ont aussi un cours de laser. Du côté magistère il y a un cours d'astrophysique, un cours de C++, absents dans la formation ENS. Le cours de Python au magistère a lieu en M1, comme le cours de laser.
- En M1 le magistère continue le C++ (orienté objet) avec la réalisation d'un projet sur plusieurs mois. Il y a aussi un cours d'optique et cohérence dont l'intérêt est discutable. Le deuxième semestre du M1 tourne autour des enseignements de ''coloration''. Il y en a 4. En M1 normal il ne faut en suivre que 2, tandis qu'en magistère il faut en suivre 3. Il n'y a pas cette contrainte pour les normaliens, pareil pour les options (une à chaque semestre pour les magistériens, au moins une sur toute l'année pour les M1 et les normaliens). Justement à cause de ça, les étudiants de magistère se retrouvent à avoir sensiblement plus d'heures à fournir pour concilier les trois options et le projet C++ que les normaliens qui ont le temps de faire le DM ''facultatif'' de physique non linéaire
- les TP de fin de M1 sont aussi gérés différemment. En magistère, il faut rédiger un compte-rendu pour chaque TP, et c'est TRÈS long

. Les normaliens ne doivent, si j'ai bien compris, rédiger qu'un seul compte-rendu de leur choix. Cela leur permet de partir en stage plus tôt et d'avoir de vraies vacances d'été.
- En parlant de stage : le magistère exige que ses étudiants de M1 effectuent leur stage ailleurs qu'en région parisienne, i.e soit en province, soit à l'étranger. On se retrouve souvent à partir à l'étranger pour faire un stage qui nous plaît. Cela implique beaucoup de paperasse !
- Les normaliens sont payés
Il y a donc peu de différences dans le fond, un peu plus sur la forme avec le magistère qui tend à imposer pas mal de choses.